La méthode de Descartes est celle du doute.
Douter consiste pour lui à rejeter comme faux ce sur quoi le doute est posé, en l’occurrence tout : depuis les impressions sensibles les plus floues jusqu'aux vérités mathématiques, en passant par ce qui est communément admis, comme le fait d'avoir un corps ou une localisation. Cela est justifié car rien ne nous garantit que nous ne sommes pas, en ce moment même, en train de rêver ou d’halluciner. Le doute sera alors appliqué de manière systématique sur tout objet se présentant à la conscience au moment même où il se présente. Son but est de découvrir quelque chose qui lui résiste, un indubitable sur quoi le philosophe va pouvoir s'appuyer et fonder une nouvelle philosophie. Le seul critère de vérité sera donc ce caractère indubitable, qui se donne par une intuition ou une vision claire et distincte.
Paradoxalement le doute sera l'alpha et l’oméga de la démarche. En effet la seule chose qui résiste au doute c'est le doute lui-même. Je peux douter de tout mais en doutant je ne peux pas douter que je doute. Autrement dit que je pense (au sens cartésien du terme, en l’occurrence "que je m'aperçois immédiatement par moi-même" que je doute - voir la page Le Cogito Shadok). Car le doute systématique ne peut pas ne pas être un acte conscient.
Idem en doutant de tout je ne peux pas non plus douter de mon existence en tant que sujet du doute, ou sujet pensant. Le Cogito (qui rappelons-le est une intuition) a donc deux faces, en quelque sorte.
Recto : Je pense
Verso : Je suis (pensant)
Ce n'est pas deux moments successifs comme pourrait le laisser croire la formule initiale (Je pense, donc je suis), mais un seul.
(Voir la page : Ce que n'est pas la pompe à Cogito).
Les raisonnements de Descartes ne sont pas exposés comme manière de preuve, mais seulement pour orienter le lecteur vers l’intuition du Cogito.
Pour comprendre Descartes il faut donc refermer son (ou ses) livre(s), et faire soi-même l'expérience du doute systématique ou de la table rase (tabula rasa) de toute croyance. Sans oublier de renverser à terre le résultat trouvé par Descartes (son propre Cogito), qui doit aussi être mis en doute ou rejeter comme étant faux. C'est seulement sur une table vierge absolument que le voyage de chacun pourra commencer.
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