mercredi 2 septembre 2020

Covid-19. Du flou et de la manipulation des chiffres

MAJ de la page : Coronavirus


Midori joue Bach (Arte, 2016)



Antonio Vivaldi: Concerto in E minor, RV 278 - Midori Seiler, Bremer Barockorchester (2016)

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Covid-19. Une deuxième vague à l'horizon ? (Arte, 28 minutes, 1 septembre 2020)
  
Si on avait pratiqué à l'époque la même politique de test qu'aujourd'hui, le nombre de nouvelles contaminations chaque jour aurait été sans commune mesure avec les chiffres actuels. L'Institut Pasteur estime ainsi dans une étude qu'avant le confinement, au plus fort de la crise (*), le nombre de contaminations quotidiennes était compris entre 180 000 et 490 000 (**). 
(*) Erreur. Le plus fort de la crise n'est pas survenu avant le confinement mais après.
(**) Ces estimations impliquent un taux de létalité du virus (pourcentage de décès relativement aux cas) extrêmement faible mais également le développement d'une immunité collective (des études ont montré la présence d'une immunité aussi chez des paucisymptomatiques après guérison). 



Pr. Jean-François Toussaint, Il n'y a pas d'argument scientifique pour le port du masque dans la rue (RFI, 31 août 2020)

Le taux de mortalité, le nombre d'hospitalisés et le nombre de patients en réanimation ne cesse de décroître. (...) L'augmentation du nombre de cas, qui ne sont pas des malades, fait l'objet d'une insistance trop lourde. (...) La question des objectifs politiques doit être posée y compris au niveau des décideurs à l'OMS qui ont recommandés des mesures qui n'étaient probablement pas les plus appropriées. 



Pr. Christian Perronne, Tout cela est instrumentalisé (RMC, Grand oral, 31 août 2020)



Pr. Christian Perronne, A croire que certains ne veulent pas que l'épidémie s'arrête. Partie 3. (ThanaTV, 26 août 2020)



Pr. Didier Raoult, Méta-analyse, un vrai tour de carte (IHU, 1 septembre 2020)

On a beaucoup contrôlés de PCR positifs en dehors. Il faut faire attention. Tout le monde n'a pas les mêmes critères, on a entre 30 et 40 % de PCR positifs en provenance d'autres laboratoires qui sont en réalité négatifs. On le signale à nos autorités, il ne faut pas compter comme nouveaux cas des faux positifs. Il serait intéressant d'avoir une harmonisation des résultats que l'on doit rendre. Ceux-ci sont juste impossibles, avec cette dilution là il n'y a plus de séquence virale. Ce sont des erreurs. 



Du flou et de la manipulation des chiffres.

Les cas ou tests positifs. 
La France veut faire un million de tests PCR par semaine, comme le note le Pr. Jean-François Toussaint et le Pr. Christian Perronne, avec une marge d'erreur de 3% (du nombre de tests effectués) cela donne 30 000 faux positifs soit plus de 4 000 par jour ! (Aujourd’hui le gouvernement français a déclaré + 4 982 cas confirmés).
A quoi s'ajoute un autre type d'erreur provenant de laboratoires qui surinterprète les résultats (en faisant un trop grand nombre de cycle). L'IHU de Marseille a ainsi pu constater entre 30 et 40 % (!) de faux positifs (relativement au nombre de cas) provenant de laboratoires externes et demande une réglementation au niveau national. (Soit au maximum entre 1 494 et 1 992 de faux positifs sur 4 982 cas confirmé). En outre les cas dénotent des tests positifs et non des personnes positives (qui peuvent se faire tester plusieurs fois pour confirmer un test et pour un suivi). Et les personnes positives peuvent avoir été infectées jusqu'à 3 mois avant le test en gardant des traces de virus morts (ces personnes ne sont pas contagieuse et peuvent même avoir développé une immunité).
En résumé :
1) Entre 2 à 3% (des tests effectués) sont des faux positifs. Erreur inhérente au test PCR.
2) Entre 30 à 40% (des cas positifs) peuvent être des faux positifs. Erreur des labos.
3) Un pourcentage non déterminé de cas positifs ne correspond pas à de nouvelles personnes positives (tests de confirmation ou de suivi).
4) Un pourcentage non déterminé de personnes positives ne correspond pas à des personnes nouvellement infectées (mais à des personnes guéries).
Cela pourrait expliquer en partie l'absence de corrélation entre les courbes de cas et celles des malades et décès (car on ne développe pas de symptômes à partir d'un virus inexistant).
Les différents facteurs expliquant cette absence de corrélation :
A) Un pourcentage non déterminé de faux positifs, des cas ne correspondant pas à des personnes infectées actuellement (cf. les points de 1 à 5).
B) Un pourcentage non déterminé de cas de personnes possédant une bonne immunité (notamment en raison de leur âge), meilleure que celle des personnes testées au printemps.
C) Un nombre de cas plus faible qu'au printemps (pourcentage non déterminé). 
D) La mutation de certaines souches du virus (devenu moins virulentes en perdant une partie de leur ARN).
E) Le développement d'une immunité dans la population.
Donc l'augmentation des chiffres de cas est largement corrélée au nombre de tests, surestimé en raison de faux positifs et probablement beaucoup plus faible qu'au printemps. Ces cas ne sont pas des malades, et il existe un traitement efficace (protocole de l'IHU de Marseille).
En Suisse (selon l'OFSP) le pourcentage de tests positifs est stable depuis plusieurs semaines à 3%, autrement dit dans les marges d'erreur du PCR (2 à 3%) !

Ct (Cycle threshold) ou comment augmenter le nombre de testés positifs
Le seuil de cycles d’amplification à partir duquel le test PCR est considéré comme positif ou négatif est important à définir ! Ce seuil de cycles est appelé Ct pour Cycle threshold.
Exemple, si le seuil de cycles Ct est de 35, cela signifie qu’à partir de 36 cycles d’amplification pour détecter l’ARN viral, le test PCR est considéré comme négatif.
L’hypothèse est la suivante : en théorie, le nombre de cycles d’amplification grâce auquel l’ARN viral est détectable nous indique la quantité relative d’ARN viral de départ. On peut s’attendre à ce que des personnes plus malades hébergent plus de virus et donc qu’elles présentent un nombre moins élevé de cycles d’amplification (seuil Ct plus bas) lors du testing PCR. S’il ne faut que 20 cycles d’amplification, cela veut dire que l’ARN viral est présent en grande quantité dans le prélèvement respiratoire, cela traduit une charge virale élevée. Au-delà de 40, le test PCR sera considéré comme négatif, traduisant une charge virale basse, voire nulle.
Extrait de : Covid : La PCR nasale peut-elle mentir ? par le Dr. Pascal Sacré, 30 août 2020, AIMSTB
Lire aussi : “Jusqu’à 90 % des personnes testées positives” pourraient être porteuses d’une “quantité insignifiante” du virus selon un article du New York Times, CividINfos, 2 septembre 2020 /
(MAJ 6) : Un nombre largement surfait de tests positifs à cause de seuils trop élevés! New York Times, 6 septembre 2020, LHK / Un test de Roche pour faire la différence entre le Covid-19 et la grippe. 4 septembre 2020, LHK /

Les hospitalisations
Sont comptabilisés comme hospitalisation aussi bien de la simple surveillance (de cas asymptomatiques ou paucisymptomatique), que des soins intensifs et des soins intermédiaires. (Là aussi on aimerait avoir plus de précision pour mieux évaluer les chiffres. Idem pour les décès).

Les décès 
La quasi totalité des décès concerne des personnes (i) atteintes d'une ou plusieurs pathologies préexistantes ou/et (ii) d'un âge avancé proche de l'espérance de vie.
En Italie, seul 3,9 % des malades décédés n'avaient pas d'autre maladie (aux Etats-Unis 6%), le nombre moyen de maladies préexistantes est de 3,4 (61,8 % des malades avaient 3 pathologies ou plus) et "l'âge moyen des patients décédés positifs au SRAS-CoV-2 est de 80 ans". Toutes les comorbidités ne sont pas mentionnées, et pas non plus les vaccinations récentes (qui sont un facteur de risque en raison d'une interférence virale).
Pour ces 96,1 % personnes décédées avec la Covid-19 et en moyenne 3,4 autres pathologies on ne discrimine pas la cause principale de la mort. Tous les décès sont comptabilisés comme Covid-19. Une personne en phase terminale du cancer testée positive sera officiellement morte de la Covid même si le virus n'a joué qu'un rôle mineur. Autrement dit on ne fait pas la distinction entre les morts AVEC la Covid-19 et PAR la Covid-19.
On comptabilise également comme décédée par la Covid-19 toute personne ayant été testée positive plusieurs semaines avant le décès. En réduisant ce délai à 28 jours, le Royaume-Unis a corrigé sa mortalité en supprimant 5 300 décès ! Cette systématisation conduit à des aberrations, récemment en Vénetie (28 août 2020) des personnes sont officiellement morte de la Covid-19 alors qu'elles avaient été guéries de la maladie et étaient redevenues négatives. (Aux Etats-Unis on aurait même comptabilisé des morts par accidents de voiture).
Cette manière de surévaluer les décès (en transférant des décès d'autres pathologies sur la Covid) explique en grande partie l'absence de surmortalité au premier semestre.
Quel est donc le pourcentage de décès provenant réellement de la Covid-19 (dont la maladie est la cause principale de la mort) relativement au nombre officiellement déclaré ? That is the question.

(MAJ 6) Lire aussi :  "J’estime que 80 % des diagnostics de covid sont faux, surtout sur les causes de décès", la lettre d’un médecin pneumologue "à bout de nerfs", 4 septembre 2020, Covidinfos

* * *

26'000 cas corona positifs en Suisse
Par Charly Pache, 31 août 2020 - Medium

Depuis quelques temps, le nombre de cas testés positifs augmente en Suisse et les médias en font constamment les gros titres. Les autorités utilisent cette métrique pour renforcer les mesures, malgré le fait que le nombre de décès n’augmente toujours pas. Sont-ils passé à côté de quelque chose d’important ?

L’armée réalise le premier test aléatoire de Suisse
Les tests pratiqués en Suisse sont biaisés dans le sens où on teste de manière ciblée les personnes ayant des symptômes ainsi que celles qui ont été en contact avec des personnes positives. Le pourcentage obtenu ne reflète pas la réalité pour l’ensemble de la population. Par chance en juillet, l’armée communiquait les résultats des tests de ses 11'828 recrues: 38 cas positifs, soit 0.3%. Ce test généralisé était le premier de type aléatoire en Suisse et nous a donné l’opportunité — passée pourtant inaperçue — de connaître le nombre total réel de personnes positives en Suisse. Ces recrues provenaient en effet de toutes les régions de Suisse, de tous les milieux sociaux et professionnels. Il était dès lors également possible de quantifier le biais des tests usuels: lors du mois précédent l’annonce des résultats du test de l’armée sur les recrues, le pourcentage de tests positifs journaliers selon les chiffres fournis par l’OFSP oscillait entre 0.25 et 1.63%, avec une moyenne de 0.756%. Mis en relation avec le 0.3% de l’armée, cela indique que le taux donné par l’OFSP était en moyenne 2.5 fois plus élevé que la réalité.
Ramené à l’ensemble de la population, ces 0.3% indiquent que pas moins de 26'000 personnes étaient en fait positives à ce moment-là en Suisse. Si nous avions la possibilité de tester en un jour l’ensemble de la population suisse, nous ne trouverions pas 100, 200 ou 400 nouveaux cas en un jour, mais au moins 26'000. De quoi effrayer plus d’un et pourtant, comme nous le verrons plus loin, ce chiffre, couplé à la mortalité, nous donne une indication rassurante par rapport à la dangerosité actuelle du virus.

Les cas positifs: une métrique à géométrie variable
Le nombre de positifs n’est pas la meilleure métrique pour évaluer l’évolution d’une épidémie. C’est le point de vue exprimé par de nombreux experts, dont la Dre Frédérique Jacquérioz Bausch lors du point de situation des Hôpitaux Universitaires de Genève du 31 mars 2020 :
“Je pense que ce qui représente le mieux les épidémies, c’est la mortalité. [..] regarder la mortalité est plus instructif que regarder le nombre de cas, parce que ça, ça dépend vraiment de la stratégie de dépistage.”

Le nombre absolu de cas positifs a connu une première augmentation lorsque la gratuité des tests est devenue une réalité, alors qu’en termes de pourcentage, il n’y avait pourtant pas d‘augmentation significative. Les médias ont de manière regrettable majoritairement mis le focus sur les chiffres absolus. Grâce à l’application de traçage ainsi qu’aux listes de présences, il a été ensuite possible de détecter de manière de plus en plus ciblée les cas positifs, ce qui a donné le sentiment que le nombre global de cas positifs augmentait. Mais il s’agit bel et bien du même biais décrit plus haut, qui s’amplifie au fur et à mesure que le ciblage est plus précis.
Par analogie on peut imaginer un lac contenant 26'000 piranhas. Le bateau de la Confédération part pécher et en ramène un jour 200, un jour 400. Cela ne veut pourtant pas dire que le nombre de piranhas a doublé. Cela veut simplement dire qu’ils ont amélioré leur technique de pèche. C’est ce qui se passe actuellement avec les cas positifs. La métrique qu’il faut surveiller, c’est bel et bien la mortalité.

Pourquoi la dangerosité du virus varie-t-elle ?
Lorsqu’un nouveau virus atteint une personne pour la première fois, c’est surtout l’état de santé de cette personne qui est déterminant. Si cette personne souffre déjà de multiples maladies et que son système immunitaire est déjà affaibli, elle tombe dans la catégorie des personnes très à risque. En Italie, une analyse des 2500 premiers décès liés au coronavirus a démontré que 99.2% d’entre eux étaient déjà traités pour au moins une autre maladie. L’âge apportant son lot de problèmes de santé, ceci peut expliquer pourquoi en Suisse 95% des victimes du covid avaient plus de 65 ans et que la moitié des décès se soient produits en EMS. C’était particulièrement vrai avec ce coronavirus puisque les données de l’OFS et de l’OFSP indiquent que cette épidémie a tué moins de jeunes que les virus de la grippe des années précédentes.

Le concept est simple: les plus résistants d’entre nous — heureusement la majorité— survivent et développent une immunité, les autres rejoignent les tristes statistiques de mortalité. Il est d’ailleurs intéressant de noter que cette année en Suisse, même pour les plus de 65 ans qui représentent 95% des décès covid, il n’y a pas de surmortalité. On est même en dessous des années précédentes lors de grippes sévères. Allez-vous en rendre compte par vous-même en consultant les statistiques usuelles de l’OFS, car il n’y a par de meilleur exercice que d’aller chercher soi-même les informations à la source.
Lorsque la première vague de l’épidémie est passée, le virus circule encore dans la population mais comme l’immunité dans la population est active, il fait de moins en moins de victimes, même parmi les personnes affaiblies car la majorité de celles-ci ont développé une immunité. Ce stade s’appelle une endémie. À titre d’exemple, on peut citer H1N1 qui malgré le fait qu’il soit apparu il y a plus de 10 ans, fait encore des victimes chaque année. Un virus disparaît rarement complètement.
On comprend ainsi pourquoi la deuxième vague d’un même virus fait logiquement moins de victimes que son premier passage. Il est fort à parier qu’à l’automne le coronavirus fasse ainsi de nouvelles victimes parmi les plus faibles d’entre nous, mais à nouveau, ces décès ne causeront pas de surplus de mortalité par rapport aux autres années. Un virus n’agit pas comme un poison toxique contre lequel notre organisme ne peut rien. À moins d’une mutation vers une version plus mortelle, ce qui est un phénomène extrêmement rare de manière naturelle et rare également de manière consécutive, ce coronavirus, une fois ‘passé’, ne devrait plus jamais nous poser de problème plus grave, comme les précédents.

Petit aparté concernant les mesures
On entend souvent que c’est grâce aux mesures prises que le pire a été évité, or, force est de constater que le quotidien des plus de 65 ans, les plus touchés par cette épidémie, n’a pas été vraiment été chamboulé par ces mesures qui touchaient principalement les personnes actives et les écoliers. Idem pour les 50% de personnes décédées en EMS. Ces gens vivaient déjà naturellement dans un semi-confinement. Lorsque ces mesures ont été levées, les autorités craignaient un rebond de la mortalité, une deuxième vague, qui n’a jamais eu lieu, puisque les mesures touchaient des personnes peut enclines à mourir des suites de ce virus. De manière générale, le lockdown n’a pas été un facteur déterminant pour qu’un pays ‘maitrise’ l’épidémie. On peut être surpris de découvrir dans cet article de la RTS, sous un titre digne d’un film de catastrophe, que la Suède s’en sort au final mieux que la France ou le Royaume-Uni. La Suède qui en 2019 a eu environ 3000 morts de moins que la moyenne usuelle, qui se retrouvent dans les statistiques du début 2020. Les médias non plus, dans leur souci de soutenir d’une voix nos autorités fédérales et leurs décisions, n’ont pas creusé si loin la question de la voie suédoise, préférant la mettre au pilori à coup de raccourcis faciles. Ce qui a fait la différence dans la maitrise de l’épidémie, c’est généralement l’état du système de santé des pays, soit des décisions politiques, souvent de longue durée. La France est passée en 20 ans de 500'000 à 400'000 lits hospitaliers. Leur personnel était déjà en grève depuis un an contre les coupes budgétaires lorsque l’épidémie a commencé. La mentalité anglo-saxonne de la rationalisation des coûts en matière de santé a fait ses victimes. En Lombardie ce sont clairement également des erreurs humaines qui sont en cause, avec la décision d’envoyer dans 15 EMS des malades covid légers, alors que la population était pourtant déjà confinée.

Pourquoi la mortalité est une bonne nouvelle ?
Revenons maintenant à nos 26'000 cas positifs de début juillet. Et observons combien de décès liés au covid ont eu lieu en juillet en Suisse: 16. Cela nous donne un taux de mortalité de 0.06%. Bien loin des 3.4% annoncés par l’OMS. Et bien loin d’être extrêmement plus mortel qu’une grippe. Il est à noter qu’en fonction de la pénétration du virus dans la population, le taux de mortalité est d’abord élevé dans une population sans immunité puis diminue au fur et à mesure que la population est immunisée. Il est important maintenant de préciser comment sont comptés les morts. Pour ceux qui ne le savent pas encore, en Suisse et ailleurs dans le monde, contrairement à la pratique qui avait cours avant cette épidémie, un patient qui décède par exemple d’un cancer ou d’une attaque cérébrale et qui avait été testé positif, peu importe si le virus a joué un rôle dans son décès, est comptabilisé comme une victime covid. Cette pratique a été décriée par exemple au Royaume-Uni, où une personne testée positive il y a plusieurs mois, en cas de décès pour une toute autre raison, était comptée comme victime covid, son enregistrement n’étant jamais effacé. Le Royaume-Uni a depuis limité à 28 jours ce délai de conservation, et a ainsi vu son nombre de décès covid baisser de 5300 cas!

En Suisse, parmi les 16 décès du mois de juillet, probablement seuls 2 d’entre eux sont réellement mort du coronavirus comme cause de décès principale, les 14 autres étant morts d’une autre cause mais ont été testés positifs au coronavirus. Il y a deux éléments qui nous permettent de l’affirmer. D’une part l’analyse des autorités sanitaires italiennes des certificats de décès de leurs 2000 premières victimes, qui a révélé le coronavirus a joué un rôle pour seulement 12% d’entre elles. En Suisse ce travail n’a pas été fait et une pétition est en cours de récolte de signature pour demander cette transparence aux autorités. Si les résultats italiens se confirment, cela voudra dire que l’on a déclenché la plus grande récession depuis la deuxième guerre mondiale pour un virus qui a causé 200 décès en Suisse. Pour mémoire, environ 67'000 personnes décèdent en Suisse chaque année, dont environ 4300 de maladies infectieuses des voies respiratoires, parmi lesquelles entre 7 et 15%, soit entre 300 et 650 cas, sont dus à des coronavirus précédemment connus. Le deuxième élément qui nous permet de trouver un ratio similaire est la différence entre le nombre de victimes de la grippe figurant dans les statistiques de l’OFS et celui annoncé par l’OFSP. Celui de l’OFSP est plus élevé, souvent d’un facteur 10, car il s’agit d’une estimation du nombre de personnes décédées pour lesquelles on estime que le virus de la grippe a joué un rôle. Ce chiffre était jusqu’à aujourd’hui estimé en calculant le surplus de mortalité en fin d’année, en partant du principe que seul le virus de la grippe était responsable des variations annuelles de mortalité. Les chiffres de l’OFS quand à eux représentent le nombre de personnes pour lesquelles la grippe a été considérée comme la cause principale de décès. On retrouve ces deux chiffres — 2500 et 244 — dans le même communiqué concernant la grippe de 2015. Ces chiffres ont fait l’objet d’un Factuel sur la RTS en 2015.
La problématique des mesures dans le vide

À ne se fier qu’au nombre de cas positifs sans considérer la mortalité, on en arrive à des décisions absurdes comme celle de la Belgique de mettre un canton comme Fribourg sur liste orange alors que cela fait plus de trois mois et demi que plus aucun décès covid n’y a été recensé. Ou comme la Grèce qui a ruiné encore plus son économie touristique alors qu’ils n’ont eu que 250 décès covid pour 11 millions d’habitants, contre 700 décès annuels pour la circulation routière. Bien qu’étant la face visible de ces mesures, le problème va au-delà du port du masque. Le problème est celui des employés ou indépendants mis en quarantaine alors qu’ils ne représentent pas un danger réel, mettant en péril leur situation économique et celle de leur famille. Le problème est celui des enfants déscolarisés sur des bases inadéquates, ce qui pose des questions de garde. Le problème est que si l’on accepte ces mesures avec un danger aussi faible, pour un virus qui tue deux personnes par mois en Suisse, on devrait logiquement interdire également toute circulation routière et ne plus jamais sortir de cette psychose qui paralyse nos pensées et nos vies. Il y a en Suisse un principe, celui de la proportionnalité, qui est censé devoir être respecté pour toute décision des autorités. Or ici vu les chiffres et la réalité, les mesures actuelles sont disproportionnées. Parmi les conséquences inquiétantes de ces mesures généralisées à l’aveugle, le nombre de suicides est un élément également à observer. Il aurait doublé dans certaines régions de France.

    “Aujourd’hui, en tant que principe de l’Etat de droit, la proportionnalité s’adresse à toutes les autorités de l’Etat, à savoir aux autorités législatives, administratives et judiciaires, et doit être respectée indépendamment de la forme de l’acte en question (acte législatif, décision, acte matériel, etc.)” — Daniela Ivanov, La proportionnalité des actes normatifs, in : Jusletter 24 octobre 2016

Ne jouons pas avec le feu. Si la Suisse persévère dans cette voie, c’est toute la classe moyenne et les PMEs qui sont en danger. Avec des conséquences catastrophiques pour les plus faibles économiquement, psychologiquement et même physiquement parlant. Oui, c’est bien de vouloir sauver des vies, mais pas au détriment d’autres, plus nombreuses et plus jeunes. De sacrifier notre avenir. Car dans ce vide laissé par nos peurs, ce sont des idéologies déshumanisantes qui prennent place. Vers le trop de technologie, de standardisation et d’automatisation. Vers la toute-puissance des géants économiques digitaux, comme nous en averti Naomi Klein. Vers la privatisation de tous les pans de l’existence, censure y comprise. Vers une accélération de la mondialisation qui ne fera qu’une bouchée de ce qui nous reste de démocratie. Si ce type d’avenir ne vous enchante pas non plus, je vous invite à écouter les lanceurs d’alertes et à vous indigner devant les prémisses de ce nouvel ordre planétaire qui ressemble aux pires du passé combiné à une technologie high-tech. C’est aujourd’hui qu’il faut agir, demain il sera trop tard.

En conclusion, je vous invite à découvrir une initiative à laquelle je suis étranger et que je trouve pertinente. Que vous soyez simple citoyen, entrepreneur, journaliste, politicien, chacun a une part de responsabilité dans ce qui va se passer dans les mois qui viennent. Des milliers de personnes censées ont déjà fait le pas d’oser un regard critique sur le déroulement des événements. J’espère que demain nous serons des millions à ne pas rester silencieux.
À bon entendeur.

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